Desde El Muelle puedes comenzar la visita al edificio por su volumen oeste, dedicado al Programa de Artes Plásticas del Centro Botín. Cuenta con 2.500 m² de espacios expositivos versátiles, distribuidos en dos niveles. Ambas salas de arte, de cinco metros de altura cada una, pueden utilizarse diáfanas, o bien subdividirse por medio de tabiques móviles, atendiendo a las necesidades expositivas.

Ambas galerías están delimitadas a ambos lados por grandes fachadas acristaladas que ofrecen extraordinarias vistas a la bahía y a los Jardines de Pereda. Además, la sala de la Planta 2 dispone de una cubierta iluminada naturalmente por medio de un innovador lucernario que dispone de un sistema de lamas para controlar la radiación de rayos ultravioletas del sol.